De Klipper Eben Haezer werd in 1906 gebouwd op de beroemde werf “Van Duijvendijk” in Lekkerkerk aan de rivier de Lek. Deze werf bestond toen al eeuwen; het eerste schip liep er al in 1737 van de helling. De Eben Haezer werd als eenmastklipper gebouwd in opdracht van K.M. van Dijke uit Sint Philipsland. Jarenlang voer Van Dijke met zand, grind en bieten in Zeeland en België.
Zoals bij veel zeilschepen werd het schip na de oorlog in de jaren vijftig gemotoriseerd en werd het gehele zeiltuig weggehaald. Een nog grondigere modernisering vond plaats in 1964, toen de oudste zoon het familieschip overnam. Er werd een hele nieuwe motorstuurhut (een salonroef) gebouwd, het schip werd 6 meter verlengd en er werd een snelle 185pk Mercedesmotor ingebouwd, die nu nog steeds functioneert. Tot 1995 heeft de Eben Haezer vracht vervoerd. Maar met maar 243 ton laadvermogen was het schip aan het eind van de vorige eeuw ondanks alle moderniseringsronden toch te klein geworden.
Het schip werd door de familie Kaai gekocht en tot woonschip omgebouwd. Zij begonnen met een jarenlange restauratie. Het schip werd weer teruggebracht tot de originele lengte en hoogte. Er werd een houten luikenkap teruggeplaatst, er kwamen weer zwaarden aan de zijkant van de Eben Haezer en in 2003 stond de meest ingrijpende restauratie op het programma: het verwijderen van de stuurhut, zodat de originele zeilroef teruggeplaatst kon worden.
In 2008 werd het schip tenslotte gekocht door de huidige eigenaar. Hij ging verder met de restauratie van de Eben Haezer door het herplaatsen van het complete tuigage. Alle rondhouten kwamen terug, waaronder de 17 meter hoge mast. Ook alle lieren die nodig zijn voor het hijsen en bedienen van de zeilen werden teruggeplaatst.
In het voorjaar van 2010 heeft de Eben Haezer, voor het eerst in bijna 60 jaar, weer gezeild.